由於菠菜植株苗的性型比較複雜，故要掌握好留種的技術。
首先觀察好菠菜植株苗的性型：一是絕對雄株，只開雄花;二是營養雄株，只開雄花，與絕對雄株比較，基生葉較大，抽薹較遲;三是雌株，僅開雌花，抽薹較雄株遲;四是雌雄同株，花期與雌株相接近。
所以當發現菠菜留種田內有部分植株開始抽薹時，立即將絕對雄株菠菜苗和抽薹早的雌株菠菜苗，以及病株、弱株、雜種株等及早拔除掉，然後追肥一次，用來促使種株多發分枝。
然後還要陸續拔除一部分營養雄株菠菜苗，通常按每平方米留下3到5株與雌株的比例，同時開花的營養雄株可留作授粉用。
再待雌株結籽後，需把全部營養雄株拔除，這樣就促進了種籽發育和成熟。
當菠菜苗植株莖葉大部分已枯黃，果皮轉呈黃綠色時，便可收割種株。需堆放種株3到5天，讓其進行“後熟”。
最後一步：將種株進行脫粒，再晾乾便成功的完成了菠菜苗留種了。