無菌室一個應用行業非常廣泛的基礎性配套產業，目前在電子資訊、半導體、光電子、精密製造、醫藥衛生、生物工程、航天航空、汽車噴塗等眾多行業均有應用，並根據行業的精密與無塵要求，等級差別也較大。1.無菌室應設有無菌操作間和緩衝間，無菌操作間潔淨度應達到10000級，室內溫度保持在20-24℃，溼度保持在45-60%。超潔淨工作臺潔淨度應達到100級。2.無菌室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防汙染。3.嚴防一切滅菌器材和培養基汙染，已汙染者應停止使用。4.無菌室應備有工作濃度的消毒液，如5％的甲酚溶液，70％的酒精，0.1％的新潔爾滅溶液，等等。5.無菌室應定期用適宜的消毒液滅菌清潔，以保證無菌室的潔淨度符合要求。6.需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包紮嚴密，並應經過適宜的方法滅菌。7.工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或消毒液洗手消毒，然後在緩衝間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用70%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。 8.無菌室使用前必須開啟無菌室的紫外燈輻照滅菌30分鐘以上，並且同時開啟超淨臺進行吹風。操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照滅菌20分鐘。9.供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防汙染。檢查前，用70％的酒精棉球消毒外表面。10.每次操作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。11.吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。12.接種針每次使用前後，必須通過火焰灼燒滅菌，待冷卻後，方可接種培養物。13.帶有菌液的吸管，試管，培養皿等器皿應浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的消毒桶內消毒，24小時後取出沖洗。14.如有菌液灑在桌上或地上，應立即用5%石碳酸溶液或3％的來蘇爾傾覆在被汙染處至少30分鐘，再做處理。工作衣帽等受到菌液汙染時，應立即脫去，高壓蒸汽滅菌後洗滌。15.凡帶有活菌的物品，必須經消毒後，才能在水龍頭下衝洗，嚴禁汙染下。16.無菌室應每月檢查菌落數。在超淨工作臺開啟的狀態下，取內徑90mm的無菌培養皿若干，無菌操作分別注入融化並冷卻至約45℃的營養瓊脂培養基約15ml，放至凝固後，倒置於30～35℃培養箱培養48小時，證明無菌後，取平板3～5個，分別放置工作位置的左中右等處，開蓋暴露30分鐘後，倒置於30～35℃培養箱培養48小時，取出檢查。100級潔淨區平板雜菌數平均不得超過1個菌落，10000級潔淨室平均不得超過3個菌落。如超過限度，應對無菌室進行徹底消毒，直至重複檢查合乎要求為止。
17.在條件較困難的地方，也可以用木製無菌箱代替超淨臺。無菌箱結構簡單，便於移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便於在內部操作，箱內部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。