為鼓勵企業開展研究開發活動，新《企業所得稅法》文件明確作出規定：“企業開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用計入當期損益未形成無形資產的，允許再按其當年研發費用實際發生額的50%，直接抵扣當年的應納稅所得額；研發費用形成無形資產的，按照該無形資產成本的150%在稅前攤銷”。但不是隻要研發費就可以稅前扣除，筆者總結了以下十種情況，不能享受稅收優惠。
方法/步驟
財務核算不健全且不能準確歸集研發費用的企業發生的研發費不得加計扣除。
非創造性運用科技新知識，或非實質性改進技術、工藝、產品（服務）發生的研發費不得加計扣除。
不屬於稅法列舉的研發費用支出不得加計扣除。
企業從事《國家重點支持的高新技術領域》和國家發展改革委員會等部門公佈的《當前優先發展的高技術產業化重點領域指南（2007年度）》規定項目的研究開發活動，其在一個納稅年度中實際發生的下列費用支出，允許在計算應納稅所得額時按照規定實行加計扣除：
1.新產品設計費、新工藝規程制定費以及與研發活動直接相關的技術圖書資料費、資料翻譯費。
2.從事研發活動直接消耗的材料、燃料和動力費。
3.在職直接從事研發活動人員的工資、薪金、獎金、津貼和補貼。
4.專門用於研發活動的儀器、設備的折舊費和租賃費。
5.專門用於研發活動的軟件、專利權、非專利技術等無形資產的攤銷費用。
6.專門用於中間試驗和產品試製的模具、工藝裝備開發及製造費。
7.勘探開發技術的現場試驗費。
8.研發成果的論證、評審和驗收費用。
委託外單位進行開發的研發費用，由委託方按照規定計算加計扣除，受託方不再加計扣除。
《企業研究開發費用稅前扣除管理辦法（試行）》第6條規定：“對企業委託給外單位進行開發的研發費用，凡符合條件，由委託方按照規定計算加計扣除，受託方不得再進行加計扣除。”
委託外單位進行開發的研發費用，對委託開發的項目，受託方應向委託方提供該研發項目的費用支出明細情況，否則，該委託開發項目的費用支出不得實行加計扣除。
納稅人未按規定報備的開發項目研發費用不得享受加計扣除的優惠政策。
企業必須對研究開發費用實行專賬管理，同時必須按照《企業研究開發費用稅前扣除管理辦法（試行）》附表的規定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發費用實際發生金額。企業應於年度彙算清繳所得稅申報時向主管稅務機關報送本辦法規定的相應資料。
企業在一個納稅年度內進行多個研究開發活動，應按照不同開發項目分別歸集可加計扣除的研究開發費用金額。對納稅人申報的研究開發費用不真實或者資料不齊全的，不得享受研究開發費用加計扣除。也就是說，研究開發費用的減免屬於備案式減免，納稅人未按規定報備不得享受加計扣除的優惠政策。
企業集中研究開發的項目的研發費應在受益集團成員公司間進行合理分攤，各公司申請加計扣除時，應向稅務機關依法提供協議或合同，對不提供協議或合同的，研發費不得加計扣除。
企業集團根據生產經營和科技開發的實際情況，對技術要求高、投資數額大，需要由集團公司進行集中開發的研究開發項目，其實際發生的研究開發費，可以按照合理的分攤方法在受益集團成員間進行分攤。企業集團採取合理分攤研究開發費的，企業集團應提供集中研究開發項目的協議和合同，該協議或合同應明確規定參與各方在該研究開發項目中的權利和義務、費用分攤方法等內容。
研究開發費用劃分不清的，不得享受加計扣除。
企業未設立專門的研發機構或企業研發機構同時承擔生產經營任務的，應對研發費用和生產經營費用分開進行核算，準確、合理地計算各項研究開發費用支出，對劃分不清的，不得實行加計扣除。
超過5年仍未加計扣除的研發費用，不再繼續扣除。
根據《企業所得稅法》第18條規定：“企業納稅年度發生的虧損，准予向以後年度結轉，用以後年度的所得彌補，但結轉年限最長不得超過5年。
法律、行政法規和國家稅務總局規定不允許在企業所得稅前扣除的費用和支出項目，均不得計入研發費用。
如《企業所得稅法實施條例》第28條規定："企業的不徵稅收入用於支出所形成的費用或者財產，不得扣除或者計算對應的折舊、攤銷扣除。"如果企業用財政撥款（財政撥款屬於不徵稅收入）用於研究開發費用的支出，在企業所得稅上是不允許扣除的，相應也不得享受加計扣除優惠政策。