最高人民法院、最高人民檢察院、公安部、司法部聯合釋出的《關於辦理侵犯智慧財產權刑事案件適用法律若干問題的意見》強調：“人民法院依法受理侵犯智慧財產權刑事自訴案件，對於當事人因客觀原因不能取得的證據，在提起自訴時能夠提供有關線索，申請人民法院調取的，人民法院應當依法調取。”在智慧財產權刑事自訴案件中，人民法院又當如何證據調查呢？
智慧財產權侵權證據調查方式
1.借用刑事偵查資源。
智慧財產權刑事自訴案件屬於《刑事訴訟法》第一百七十條規定的第二類和第三類自訴案件範圍，即：人民檢察院沒有提起公訴，被害人有證據證明的輕微刑事案件和被害人有證據證明對被告人侵犯其人身、財產權利的行為應當依法追究刑事責任，而公安機關或者人民檢察院作出不予追究書面決定的案件。
在第二類案件中，檢察院沒有提起公訴的案件不等於公安機關沒有經過偵查，只是因證據不足或情節輕微等原因，檢察院經審查後決定不提起公訴而已。
在第三類案件中，因不予追究是偵查終結後作出的處理決定，故公安機關或檢察院決定不予追究也必定以偵查事實的存在為前提。故自訴人提起訴訟時，可以向人民法院申請調取公安機關在偵查階段或檢察院在審查起訴階段所獲取的證據。通過借力公安機關的刑事偵查資源，來彌補自訴人舉證不力和人民法院刑事取證能力不足的缺陷。
2.呼叫行政執法證據。
我國智慧財產權保護實行行政執法和司法保護雙軌制。隨著行政程式正當性的日漸重視，行政執法程式更加規範，事實查證標準高。
以工商機關處理商標侵權糾紛為例，根據《行政處罰法》的規定，工商機關調查侵權事實時要堅持全面、客觀、公正的原則；而根據《商標法》的規定，工商機關在調查侵權事實時又可以行使多項行政職權，如詢問當事人，查閱和複製涉案合同、發票、賬簿，現場檢查，查封、扣押侵權物品等。
正是基於行政程式證據的高標準，《意見》對部分行政證據的採證也作了明確：“行政執法部門依法收集、調取、製作的物證、書證、視聽資料、檢驗報告、鑑定結論、勘驗筆錄、現場筆錄，經公安機關、人民檢察院審查，人民法院庭審質證確認，可以作為刑事證據使用。”
在刑事自訴中，對於經過行政執法程式的案件，可以由自訴人向法院申請調取相關證據。必要時，也可以由法院通知行政執法人員出庭作證。
3.運用民事取證手段。
從智慧財產權民事、行政和刑事三類案件的內在聯絡來講，智慧財產權犯罪是智慧財產權侵權的高階形態，構成智慧財產權犯罪只是因為某一行為對智慧財產權更為嚴重的侵害，以致被認為具有了對社會公共利益的危害性，符合了刑事法律規定的侵害程度，才進入刑法規制的領域。
因此，構成智慧財產權刑事犯罪的前提是存在智慧財產權民事侵權的事實。根據“舉輕以明重”的當然解釋方法，諸如證據保全、指定鑑定、勘驗物證等取證手段既然在民事訴訟中可以使用，自然完全也可以運用於智慧財產權刑事自訴案件之中。