做分子生物學試驗,往往是離不開引物設計的,但是當我們用引物設計軟件設計出引物的時候,引物的特異性決定了PCR的產物是否有雜帶而影響下游試驗,在此簡要介紹如何使用NCBI裡面的primer-BLAST進行引物特異性的驗證
工具/原料
NCBI官方網站
方法/步驟
打開瀏覽器,輸入進入NCBI網站
在此網頁下方處找到Primer-BLAST,點擊進入
點擊進入以下界面,在Primer Parameters裡面輸入自己已經設計好的引物序列,在此以病毒DNA序列為例子進行闡述,該引物為擴增EB病毒(人類皰疹病毒4型)DNA一段序列的引物。
隨後,在Primer Pair Specificity Checking Parameters裡面的Databse中選擇選項“Genome(chromosomes from all organisms)”,由於舉的例子是擴增病毒DNA的引物,用於擴增患者是否攜帶該病毒,所以要避免該引物擴增出人體DNA中的片段,從而在下面“Organism”裡面選擇“Homo sapiens”
之後直接點擊頁眉左下角的“Get Primers”按鈕進行引物特異性的驗證,點擊後的頁面如圖所示。
大概稍等一會兒,就會得到結果,結果頁面如下圖。本條引物在擴增時可能會出現兩天雜帶,但是該段引物序列與人基因組序列還是存在鹼基的不一致,所以也可能擴增不出來,另外產物的片段大小與目的片段大小差異較大,故本對引物的特異性很好!
注意事項
輸入自己設計好的引物時,注意引物的順序是不是5'端至3‘端