肉豆蔻味辛性溫，屬補益藥。主要功用是燥脾。暖胃、澀腸。常用於溫脾止洩、溫胃行氣。
溫脾止洩：
對於脾胃虛寒所致的久洩、久痢，肉豆蔻有溫脾燥溼、澀腸止洩的作用。常配合黨蔘、白朮，茯苓，訶子、木香，芡實、砂仁等同用。肉豆蔻對“五更洩”（每日清晨洩肚）效果最好。五更洩為脾腎虛寒所致，肉豆蔻能溫脾燥溼。澀腸，常配合吳萊萸，五味子，補骨脂同用（這四味藥舊名“四神丸”，是治五更洩最常用的藥方）。
溫胃行氣：
肉豆蔻功能溫胃助消化、下氣消脹，對中焦虛寒所致的食物不化、食慾不振、胃脘脹痛等症，常以本品配合木香，良姜、砂仁、香附，半夏，厚朴、枳殼等同用。據近代研究證明，本品所含之揮發油，能增進胃液分泌及胃腸蠕動而有開胃促進食慾，消脹止痛的功效。但用大量反有抑制胃液分泌、胃腸蠕動的作用。故用於溫胃行氣，開胃進食時，用量宜輕（五分至一錢半），用於溫脾止瀉時，用量宜重些（三至四錢）。
最後：
益智仁與肉豆蔻均能燥脾，但益智仁偏用於脾溼多誕，並能補腎縮小便而治遺尿。肉豆蔻偏用於脾虛洩瀉，並能溫胃行氣。
補骨脂與肉豆蔻均能治洩瀉，但補骨脂溫補腎陽而治腎虛寒所致的大便溏瀉。肉豆蔻溫脾燥溼而治脾虛寒所致的腸滑便瀉。
用量一般為五分至三錢。有實熱火邪者忌用。