宏基因組測序是指對微生物群體進行高通量測序，分析特定環境中微生物群體基因組成及功能、微生物群體的多樣性與丰度，進而分析微生物與環境、微生物與宿主之間的關係，發現具有特定功能的基因。宏基因組測序無需分離純培養微生物，較大擴展了微生物資源的利用，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質。宏基因組研究分兩個方向：擴增子測序和全基因組測序。
擴增子測序，涉及特定序列位點的PCR擴增，通常是16S/18S rDNA。宏基因組的物種分類，一般用OUT（operational taxonomic unit），即可操作單元來表示。通常原生生物使用16S rDNA來衡量，真核生物的OUT使用18S rDNA來衡量。
工具/原料
1）通過宏基因組測序的方法，將腸道微生物與疾病進行關聯分析以揭示疾病與健康個體間的微生物差異；
2）鑑定特定環境中的特定微生物發現耐受菌種及相關基因。
3）可以研究物種的分類，研究與特定環境相關的代謝通路，以及通過不同樣品的比較研究微生物群落內部、微生物與環境、微生物與宿主之間的關係。
方法/步驟
擴增子序列（16rDNA)分析流程：
結果示例：
圖1 不同樣本OUT（operat ional taxonomic units）丰度的熱圖展示
圖2 實驗組和對照組在屬水平上生物種類分佈的柱狀圖和餅狀圖
圖3 系統發生樹
