中藥材的合理採收(季節、時間、方法)不僅對保證藥材的質量、藥效，而且還對保護、擴大藥源具有重要意義。採收適時如法則藥性強、療效高，反之，則藥性弱、療效差。唐·孫思邈強調醫者須知“用藥必依土地，所以治病，十愈八九……，不知採集時節……所以治病，十不得五也”。金李東垣：“凡諸草木昆蟲，產之有地，根葉花實，採之有時，失其地則性味少異，失其時則性味不全。”例如麻黃含生物鹼之量以8-9月為高，故採集宜於8-9月；番瀉葉以生長90天左右者含葸醌類活性成分最高，宜此時採集；天麻以冬季莖花未出土時採集之冬麻質重效佳，花莖出土所採之春麻次之。中藥之採集應在有效成分含量最高時採集，然目前對中藥的有效成分的消長規律尚不清楚，故可按傳統經驗，主要從影響藥材性狀和品質的因素，採收的難易，以及動、植物生長髮育過程中營養物質一般消長的規律來指導各類藥材的採收。
藥材的採收，必須在不同的藥用部分及有效成分含量最高的時節進行，才能獲得高產優質，現分述於下：
根據種類採收
根和根莖類
根和根莖為植物的貯藏器官，在地上部分開始生長時，往往會消耗根中貯藏的養分，故宜在植物生長停止，花葉萎謝的休眠期，或春季發芽之前採收。如葛根在秋末及冬季採收，才堅實而粉性足，如到春天地上部分長出則完全無粉質而成了柴，便不能入藥。野生植物藥材，在冬季地上部分枯萎後，找尋不易，則以秋末，苗枯前為宜。但也有例外，如柴胡、防風、明黨蔘以春天採較好，孩兒參在夏天收，延胡索、半夏、夏天無應在穀雨和立夏間採挖。一般採挖法，在雨後土地溼潤時，用特製工具挖掘，人蔘必須保護鬚根。
根和根莖類藥材，往往需要生長一年以上才能供藥用，一般須2-5年，栽培藥材中如白芍生長鬚3-4年，人蔘須5年以上；野生者其生長年限更長，如野生黃芪需2-3年才挖。
根皮和樹皮類
相對而言皮多在清明到夏至時間採集，此時植物體內液汁較多、形成層細胞分裂迅速，樹皮易於剝離，同時有效成分含量高，如杜仲、厚朴。根皮在冬季採收，如牡丹皮、地骨皮。有些藥材取皮，可在取伐木材時收。
根皮、樹皮的採收，容易損害植物生長，應注意採收方法，樹皮不可整圈剝，否則破壞輸導系統，造成樹木死亡；根皮是挖根後再剝取。
葉類和全草類
應在植物生長最旺盛時，或在花蕾將開放時，或在花盛開而果實種子尚未成熟時採收，此時植物已經完全長成，而且生命力最旺盛。如人蔘葉在夏天採收，葉濃綠而茂盛。但桑葉需經霜後採收，枇杷葉、銀杏葉需落地後收集。
全草多在花期採收，從根的上部將植枝割下，或整枝拔起，有的只採帶花枝梢，但也有采嫩苗的，如茵陳蒿應於春初幼苗時採集。
花類
花類藥材採集時間必須特別注意，因為一般花期較短，若採集時間不當對藥材品質影響很大。通常採集在花朵開放或含苞待放之時，如旋復花、菊花於初放時採；銀花，辛夷花在含苞待放時採；槐花、公丁香在花蕾時採，一般不宜在花完全盛開後採收，因此時有效成分的含量降低影響藥效，而且花瓣易脫落，質量變差，如紅花初開時色黃，後變橙紅，最後變暗紅色，以橙紅色時採收為佳。
花的採收應在晴天上午，露水初干時進行，以利迅速乾燥。對有刺的植物如紅花，應露水未乾時採，若干後、植枝及苞片上之刺，可刺傷採集人員之手指。
果實、種子類
除少數藥材如青皮、青梅、枳實須在未成熟時採收外，一般果實須在已經充分長成或將近成熟時採集；多汁漿果易於敗壞，要及時採收加工；乾果、蒴果須在成熟以前適時採收，若成熟後會開裂散落。
種子類藥材，必須等完全成熟後方可採收，採收時用手摘取或連枝剪下，晒乾後再收集。
菌、藻、孢子類
菌核、藻類、孢子類藥材，按其各自的特點採收，如茯苓在立秋後採收質量較好，馬勃在子實體剛成熟時採收，過遲則孢子飛散。
動物類
動物類藥材的採集，因藥材的種類不同而異。如昆蟲類藥物，必須掌握其孵化發育活動季節，如蟬衣在夏秋季黑蚱蟬蛻化之時收集；桑螺蛸須3月前收集，過時蟲卵孵化成蟲；蚯蚓6-8月剛開始活動時捕捉；蜈蚣在清明節前後捕捉較好；一般有翅昆蟲，大多在清晨露水未乾時憩息於植物上，不易起飛，易於捕捉，如斑蝥、虻蟲等：動物藥蛤士蟆秋末進入冬眠期，易於捕捉，且蛤土蟆油於體內較多；鹿茸於清明後40—60天(5-7月)截取，過時則角化而不是茸了。對動物藥材熊膽、牛黃、麝香、馬寶、蟾酥在捕捉後或屠宰場採收，近年更有人工種植牛黃、活麝取香、活熊抽取膽汁等新的採集方法。
礦物類
礦物類藥材，隨時可以採收，也可結合開礦進行。
藥材的採收，應注意保護藥源，應計劃種植、計劃採集，應用多少、採多少，不要貯存過多，造成積壓，導致變質浪費。採集時亦要注意合理，如採大留小，保稀採密、合理輪採、封山育藥，引種繁殖等，使藥材資源取之不竭。