《忍者公司》講述的是，一場突然的“生化危機”蔓延全球，這個時候在地球上只存在兩個勢力，一個是病毒的傳播者：殭屍，另外一個則是為了生存和拯救人類的忍者軍團。遊戲中，玩家需要扮演的是忍者軍團的領導者。
近來國內的遊戲廠商表現非常活躍，一款又一款的佳作湧現出來，本作也是其中一款。從遊戲的人物形象上你很難看出這是一款國產遊戲，風格上帶有很鮮明的歐美範兒，但除了人設之外，背景、選單介面的設計就是國產遊戲的審美感覺了，所以可以說，在畫面表現上《忍者公司》是一款“中西”合璧的作品。
遊戲中玩家將擁有一所專門製造、訓練忍者的公司，忍者的種類非常多，不但種類多樣，而且個性十足，你基本上找不到一個在設計上有半點相似的忍者，而作為敵人的殭屍也同樣如此，看看下圖滿滿當當的個性角色，是不是有點眼花繚亂呢?估計部分收集達人們已經坐不住了!
玩家要先從學校開始修建訓練忍者的場所，不同的場所可以訓練出不同型別的忍者，比如教室能把老師訓練成“尖峰地忍”，廁所能把清潔大叔訓練成“流沙地忍”，食堂能把廚師訓練成“盤石地忍”，這些場所不但能生產忍者，還能生產金幣，只是玩家們要自己收取。等玩家基本的忍者軍團打造完成了就可以去攻打被殭屍侵佔的建築了，把建築建築中的怪都清完之後可以把建築物佔為己有，新的建築物可以建造新的場所，新的場所則可以製造新的忍者，然後玩家就可以繼續發展更強大的忍者勢力了。
而在遊戲中採用的是回合制的戰鬥方式，玩家可以選擇忍者的出陣次序，敵人會按這個次序逐一攻擊我們的忍者，所以等級高，能力強的忍者應該放在前面出陣。
忍者的忍術技能則需要玩家自己去開發，在場景中有一條地下道，玩家可以自由選擇挑戰，通道由幾個關卡中的殭屍鎮守著，如果把通道打通了便可以獲得新的技能，通過升級洞窟還可以把技能的等級提升上去。