計算機軟體侵權糾紛訴訟的首要步驟就是要審查原告的權利主體身份，即原告主張他人侵犯其計算機軟體著作權的，應當首先舉證證明其是該軟體的著作權人。
方法/步驟
1、“實質性相似+接觸+排除合理解釋”
目前，在處理計算機軟體侵權糾紛案件中，一般採用實質性相似+接觸+排除合理解釋”法來判斷是否侵權。由於計算機軟體的表達涉及原始碼、目的碼、編寫語言等專業領域的知識，並不如文學、藝術作品那樣容易通過感官直接感受。因此，對於被控侵權軟體是否與權利人軟體構成實質性相似，往往需要藉助司法鑑定手段。
（1）固定侵權證據。由於軟體的修改、刪除可在瞬間完成，因此對於侵權軟體的固定非常重要，必要時法院可根據當事人申請或依職權採取證據保全措施，以固定侵權證據。
（2）確定鑑定材料。鑑定的前提是確定鑑定材料，法院必須讓雙方當事人明確需要鑑定比對的軟體版本，這樣得出的鑑定結論才可以作為定案的證據。否則，可能因當事人提出鑑材不符要求而導致鑑定結論的無效。而如果雙方對鑑材無法達成一致的，也就根本無法進行鑑定。
（3）查明“接觸”事實。單憑“實質性相似”並不能判斷侵權行為。獨立開發時的設計巧合、由於可供選擇的表達方式有限、應用前人的成果等也可能導致軟體程式的相似，不同作者就同一功能開發的軟體作品，只要系獨立完成應當各自享有獨立著作權。所以在認定“實質性相似”後，還要判斷“接觸”事實。這裡的“接觸”指被控侵權軟體的開發者以前曾有研究、複製權利人的軟體產品的機會，例如曾在權利人處工作並參與了權利人軟體的開發等。
2、破壞軟體技術保護措施
破壞軟體技術保護措施的侵權行為技術保護措施，是指權利人主動採取技術手段，保護和管理自己的權利，防止他人的侵權行為。就計算機軟體的保護而言，比較常見的技術保護措施包括設定序列號、註冊使用者名稱等軟加密技術以及附帶加密盒、鑰匙盤等硬加密技術。由於侵權軟體實際由侵權人掌控，權利人很難提供確鑿的證據證明侵權人實施了破解行為，有時需要採用事實推定的方法。
事實推定是指法官在法律沒有明確規定的情況下，根據邏輯規則和經驗法則，由已知的案件事實推出待證的案件事實，並且允許當事人提出反證推翻的一種訴訟證明方法。事實推定並不是憑空想象的，必須依據確定的基礎事實。對於侵權人破壞軟體技術保護措施的推定，應當依據以下事實：
（1）權利人為其軟體設定了保護措施。即如果沒有權利人提供的密碼、序列號或者加密硬體，任何人無法正常安裝、使用軟體。
（2）由侵權人實際複製或使用了權利人的軟體。
（3）侵權人沒有避開軟體保護措施的合理理由，即權利人未曾向侵權人提供過相應的口令、序列號或加密硬體，侵權人也無法從其他正常渠道獲得，且不存在權利人軟體出錯的情況。只有在上述三項基礎事實都明確的情況下，才有可能得出侵權人實施了破壞軟體技術保護措施的結論。
注意事項
原告在進行計算機軟體侵權訴訟時，最重要的就是要舉證證明軟體權利歸屬，明確自身的舉證責任，才能更好地進行侵權訴訟。