命門一詞，最早見於《內經》。“命門者，目也。”將命門作為內臟提出，則始於《難經》。晉唐乃至宋代，很少提及命門。從明代起，隨著人們對腎臟功能的日趨重視，命門亦為醫家重新重視。歷代醫家對命門的部位、功能及其與腎的關係作了較深入的探討，各家認識並不一致。“命門者，諸精神之所舍也。男子以藏精，女子以系胞，其氣與腎通。”明·虞摶明確提出“兩腎總號為命門”說，認為命門“為元氣之根本，性命之所關。”張介賓進一步闡述命門之功能雲：“故命門者，為水火之府，為陰陽之宅，為精氣之海，為死生之竇”，“命門為元氣之根，為水火之宅。五臟之陰氣，非此不能滋；五臟之陽氣，非此不能發”。此一論點，也為腎陰、腎陽理論的形成奠定了基礎。明·趙獻可則提出“命門在兩腎之間”說，認為命門的功能，主要是真火的作用，主持人體一身之陽氣。“命門為腎間動氣”說，認為這種動氣，乃生生不息之氣，是人身先天之太極，造化之樞紐，陰陽之根蒂，臟腑之根本，生命之源，並不限於火。另外，明·張介賓尚提出“命門為產門、精關”“腎有精室，是曰命門”，“夫命門者，子宮之門戶也。”
對於命門的生理功能
命門和腎是一而二，二而一，有不可分割的關係。有學者認為命門可詮註為“性命之門戶”，主要是突出強調腎在生命活動中的重要性。“考越人兩呼命門為精神之舍，元氣之系，男子藏精，女子系胞著，豈漫語哉！是極歸重於腎為言，謂腎間原氣，人之生命，故不可不重也。”
命門之火（陽氣），為人身陽氣之根本，能溫化腎水，蒸蘊脾胃膀胱，使水谷運化，津液輸布。
命門之火主生殖，火旺則性慾亢進，火衰則性機能減退。對於命門功能看法之分歧，主要在於主火與主水火之爭，即主火說認為腎主水，命門主火；而主水火說則認為命門為水火之宅，其實質即是腎陰、腎陽。然就臨床應用而言，多提命門之火，很少提到命門之水。另有學者提出兩儀命門說，指出兩儀命門之元陰、元陽者，男為純陽命門，內藏元陽，位居於外，名曰睪丸；女為純陰命門，內藏元陰，位於內，名曰卵巢。兩者各藏一息真陰真陽之氣，為生命之根源，造化之樞紐，為薰育之主，為藏精系胞之器。
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