眼藥水開封后，相當於儲存環境發生了改變，藥效會逐漸減弱。在使用和儲存過程中，藥液還可能被空氣中的微生物汙染，帶來安全隱患。如果使用方法不當，滴眼藥水時滴頭接觸到了角膜，引起眼部感染的風險會更大。
為了儘可能延長壽命，市面上多數眼藥水添加了抑菌劑(防腐劑)。但抑菌劑本身也會對眼部帶來影響，因此都處於較為安全的濃度，代價是對眼藥水壽命的延長作用有限。國內目前通常建議，眼藥水開封后4周內使用較為安全。國外則正在逐步轉軌，推廣一次性眼藥水以解決此矛盾。
對不常使用眼藥水的人來說，如果4周就丟棄顯得很浪費。建議這類人群選小支、不含防腐劑的眼藥水。小支裝（0.4毫升等規格）的眼藥水多不含防腐劑，但價格稍高，一支最多滴4次。
此外，因為小支裝沒有瓶蓋，開封后直接暴露在空氣中，必須幾個小時內滴完。用這種眼藥水時要注意保持清潔，別讓瓶口受到汙染。如果周邊的衛生條件差，空氣粉塵多，不建議用這類產品。
眼藥水一般放在室溫下即可，特別提示需要冷藏的，應根據說明書處理。滴眼藥水前要先洗手，以免引發感染。眼藥水應滴在下眼皮和眼球之間的結膜囊內，瓶口不宜接觸眼睛，每次一到兩滴即可。滴完眼藥水後閉眼，按壓下眼角1~2分鐘，能預防藥液進入鼻腔和口腔，出現口苦和其他全身症狀。