利用氣體更換或控制的方法對新鮮食用菌進行保鮮與包裝，費用較低，適合長途運輸，且產品貨架壽命較長，效果很好。
控制法：將新鮮食用菌經整理、分級後，裝入厚壁塑膜袋中密封，以控制新鮮空氣數量，使子實體代謝減緩；進入市場後最好即時貯於低溫條件下，其貨架壽命亦因品種而異。
真空法：將新鮮食用菌裝入複合塑料袋內，抽空密封，保鮮期較長，但經長運進入市場後，最好低溫貯藏。
換氣法：將新鮮食用菌裝入複合塑料袋後，往袋內注入一定數量的氮氣後密封，可有效抑制其細胞酶的活性，從而延長保鮮期，但該法需相應的裝置及氣源，費用稍高，適合規模化生產單位或個人，實行週年化栽培或反季節栽培時，可推廣使用該方法。
矽窗法：市場上的"矽窗保鮮袋"可應用於食用菌保鮮貯藏，但也存在費用偏高等問題。
排氧法：將整理後的鮮菇置入容器內，新鮮食用菌較多時可置於特定房間內，充放二氧化碳氣體，約15-30小時後，分裝塑料袋並密封。