MEGA?

Tags: 基因, 進化樹,

分子生物學研究中經常會遇到構建基因進化樹,現在分享一下如何用MEGA5.0構建分子進化樹

工具/原料

MEGA5.0

方法/步驟

新建一個TXT格式的文件

MEGA 5.0構建進化樹

開啟文件,把需要構建分子進化樹的基因序列的FASTA格式序列複製貼上到TXT文件中,並儲存。

MEGA 5.0構建進化樹

將文字文件的字尾“TXT”更改為“fasta”,如下圖所示。

MEGA 5.0構建進化樹

MEGA 5.0構建進化樹

MEGA 5.0構建進化樹

雙擊fasta檔案,由MEGA5.0開啟,如圖

MEGA 5.0構建進化樹

單擊W圖示中的“Align DNA”,會提醒你選擇序列,單擊確定即可,如下圖

MEGA 5.0構建進化樹

MEGA 5.0構建進化樹

比對後的序列如下圖。

MEGA 5.0構建進化樹

然後我們需要把“*”號之外的序列全部刪除,只留下"*"標註的序列,儲存一下

MEGA 5.0構建進化樹

MEGA 5.0構建進化樹

關閉小視窗,回到MEGA5.0的主介面,單擊“phylogeny”的下拉符合,選擇“Construct/Test Neighbor-Joining Tree...“,選擇剛才儲存的文件。

MEGA 5.0構建進化樹

開啟之後按照預設引數點選確定即可執行,最後得到進化樹如圖所示。

MEGA 5.0構建進化樹

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