公司登記註冊程式包括兩種具體程式：一是公司進行的申請登記註冊程式，二是公司登記機關對公司進行的核準登記註冊程式。
法律、行政法規對設立公司規定必須報經審批的，在公司登記前應依法辦理審批手續；公司的經營範圍中屬於法律、行政法規限制的，應當依法經過批准。因此，公司登記註冊程式有時包括第三種程式，即設立審批程式或審批程式。
(一)公司申請登記程式
公司申請登記程式是指公司向登記機關申請登記的程式。根據《公司登記管理條例》規定，公司申請登記分為設立登記、變更登記和登出登記三種，登記程式也相應地分為三種：
1、申請設立登記程式
設立公司應當申請名稱預先核准。
(1)有限責任公司設立登記。
設立有限責任公司，應當由全體股東指定的代表或者共同委託的代理人向公司登記機關申請設立登記。
設立國有獨資公司，應當由國家授權投資的機構或者國家授權的部門作為申請人，申請設立登記。
法律、行政法規規定設立有限責任公司必須報經審批的，應當自批准之日起90日內向公司登記機關申請設立登記；逾期申請設立登記的，申請人應當報審批機關確認原批准檔案的效力或者另行報批。
申請設立有限責任公司，應當向公司登記機關提交有關檔案和證件。
(2)股份有限公司設立登記。設立股份有限公司，董事會應當於創立大會結束後30日風向公司登記機關申請設立登記。
申請設立股份有限公司，應當向公司登記機關提交有關檔案和證件。
(3)分公司設立登記。
公司設立分公司的，應當自決定作出之日起30日內向公司登記機關申請登記；
法律、行政法規規定必須報經有關部門審批的，應當自批准之日起30日內向企業登記機關申請登記。
分公司的經營範圍不得超出公司的經營範圍。
設立分公司，應當向公司登記機關提交有關檔案和證件：
①公司法定代表人簽署的設立分公司的登記申請書；
②公司章程以及由公司登記機關加蓋印章的《企業法人營業執照》影印件； ③營業場所使用證明；
④公司登記機關要求提交的其他檔案。
如經營範圍中有法律、行政法規規定必須報經審批的專案，應提交國家有關部門的批准檔案。
2、申請變更登記程式
公司變更登記是指公司改變名稱、住所、法定代表人、經營範圍、企業型別、註冊資本、營業期限、有限責任公司股東或者股份有限公司發起人的登記。
公司變更登記事項應當向原公司機關申請變更登記。未經核准變更登記，公司不得擅自變更登記事項，否則應當承擔相應的法律責任。
3、申請登出登記程式
按照《公司登記管理條例》第三十六條的規定，公司登出登記的申請由公司的清算組織進行，公司清算組織應當自公司清算結束之日起30日內向原公司登記機關申請登出登記，並提交有關檔案和證件。
