SCI論文寫作通常被引用的參考文獻包括四類：
1)有歷史背景和意義的文獻；
2)實驗引用的方法；
3)支援性或衝突的證據；
4)比較用的類似文獻。
原則上在引用參考文獻時要引用直接相關的(relevant)、特定性的(specific)和清晰的(clear)文獻以印證自己的說辭。而且，直接地引用原著(primary publications)優於間接引注。引用綜合評論(review articles)或學術性專書中的章節亦無不可。但是有二個不可忘記的原則︰其一是要引用原始的文獻，避免引用二手文獻，以免造成錯誤或誤解。其二要引用自己看過的文獻，而且是正確地引用，如果從記憶中去引用文獻，常會有出錯的危險，所以文獻要經過心思的消化。
在國內，常有因各種的因素之限制，不易或無法取得原始的文獻，因此，有些作者則以自己所能取得的文獻中的文獻為文獻，此雖有不得已的苦衷，但嚴格地說，這種作法並不可取。有極少數例外的情形是在一些以撰述歷史性的人事或理念的專書中偶爾可見引用二手文獻的情形，但那是限於歷史久遠及被珍藏而無法取得的典籍，此種情況則可用“Smith P(1832). Cited by Adams BK in :篇名.雜誌名稱.年；卷期︰起迄頁數.”。若文獻的來源難覓則應儘量地不用或少用這種文獻。學術會議的摘要可當文獻被引用，但如該摘要已撰成原著發表，則應引用原著。
已被接受但尚在刊印中的論文寫作可被引用為參考文獻，但要括號註明「付梓中」(in press)或「將刊出」(forthcoming)。但是那些「私人通訊」(personal communication)或「未發表的觀察」(unpublished observations)不能被列為參考文獻，只能在論文的本文中敘述，而且前者要註明訊息交付者及交付時間；後者則要註明資訊來源，並有書面同意。