網絡藥理學預測化合物靶點,有很多免費的在線網站,本文介紹HTDocking方法預測化合物靶點,希望給做網絡藥理學方面的科研工作者帶來啟發。
工具/原料
能聯網的電腦
HTDocking數據庫賬號
方法/步驟
首先打開該數據庫網站(百度搜索即可),註冊賬號,然後登陸。
登錄之後,找到“Tools”,再找到Online GPCRDocking 然後點擊。
彈出如下結構式繪製(或上傳)的頁面,在這裡可以繪製或者上傳需要預測的化合物結構式。這裡選擇上傳化合物的結構式(格式為mol2),然後點擊search.
彈出化合物的預測頁面,等待預測完成,大約十幾分鍾。
全部預測完成後,會根據Docking Score的大小自動排列,根據需要選擇前10或者前20個靶點,點擊左側的鏈接。
彈出頁面中,找到“Gene Names”對應的基因名,複製保存起來。每個靶點都這樣操作後,整合起來就是預測的該化合物的靶點。
注意事項
本文僅展示化合物靶點預測的方法,後面如需作圖請參看其它教程。