基因組重測序?

General 更新 2024-10-31

全基因組重測序和基因組測序有什麼區別

沒什麼區別吧。習慣說法的關係。是全基因組測序和重測序有點不同。

gwas和全基因組重測序的區別

基於第二代高通量測序技術,對於有參考序列的物種,針對不同的真菌菌株,可通過全基因組重測序的方法獲得全基因組範圍內完整的變異信息,討論群體的遺傳結構、影響群體遺傳平衡的因素以及物種形成的機制,定位重要性狀位點,為後續分子育種打下堅實基礎。同時,通過全基因組大樣本重測序對真菌重要菌株進行全基因組的基因型鑑定,並與關注的表型數據進行全基因組關聯分析(GWAS),找出與關注表型相關的SNP位點,定位性狀相關基因。隨著測序成本降低和擁有參考基因組序列的物種增多,基因組重測序也成為育種研究中迅速有效的方法之一,在全基因組水平掃描並檢測出與重要性狀相關的變異位點,具有重大的科研價值和產業價值。

近日,Nature Genetics發表的一篇文章就充分利用了微生物基因組測序與以全基因組重測序為基礎的全基因組關聯分析結合的方法,揭示了裂殖酵母遺傳與表型多樣性之間的聯繫。研究者選取裂殖酵母Schizosaccharomyces pombe作為研究對象,在全球20個國家範圍內收集了時間跨度為100年的161個野生株系的S.Pombe,進行了全基因組測序,推測裂殖酵母在公元前340年開始廣泛大量出現,祖先種到達美洲的時間為公園1623年。後續研究者又選取223個菌種進行全基因組關聯分析,發現至少89個性狀表現出一個關聯。每個性狀最顯著的檢測到的變異可以解釋平均22%的表型差異,且indel的影響比SNP更大。

基因組重測序有哪些步驟?每個步驟的目的是什麼

這個問題要是能夠完美回答就沒有那麼多國內外生物學家仍在努力奮鬥了。事實上,全基因測序得到就如一本“天書”,我們還是像以前那樣,比如研究某個基因,任然要做很多實驗,各個層次的,分子的蛋白的,研究基因產物的功能結構,和別的蛋白質的關係,受什麼影響,細胞定位如何(遺傳學和分子生物學)。但是有了基因組測序的方便之處也有很多,比如我們很容易去找到這個基因所在位置,是否有突變,在生信方面可以預測其結構、功能,找同源基因,系統發育樹等(生物信息學),對於低級的模式生物,甚至可以建整個基因組、蛋白組、代謝組的網絡(系統生物學),用於研究高通量數據等等。總之,想回答這個問題,得深入學習我上面提到的學科,並研究下現在的科研文獻,才能較為全面的瞭解。不過看你想知道的深度了。

全基因組重測序的概述

全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進行不同個體的基因組測序,並在此基礎上對個體或群體進行差異性分析。全基因組重測序的個體,通過序列比對,可以找到大量的單核苷酸多態性位點(SNP),插入缺失位點(InDel,Insertion/Deletion)、結構變異位點(SV,Structure Variation)位點和拷貝數變異位點(CNV,copy number variation)。SBC可以協助客戶,通過生物信息手段,分析不同個體基因組間的結構差異, 同時完成註釋。

基因組重測序有哪些步驟?每個步驟的目的是什麼

基因組,Genome,一個細胞或者生物體所攜帶的一套完整的單倍體序列,包括全套基因和間隔序列。可是基因組測序的結果發現基因編碼序列只佔整個基因組序列的很小一部分。因此,基因組應該指單倍體細胞中包括編碼序列和非編碼序列在內的全部DNA分子。說的更確切些,核基因組是單倍體細胞核內的全部 DNA分子。線粒體基因組則是一個線粒體所包含的全部DNA分子。葉綠體基因組則是一個葉綠體所包含的全部DNA分子。中國研究人員成功破譯高山倭蛙基因組,是迄今為止破譯的首個現代蛙類基因組。

全基因組重測序的技術路線

提取基因組DNA,利用Covaris進行隨機打斷,電泳回收所需長度的DNA片段(0.2~5Kb),加上接頭, 進行cluster製備 (Solexa)或E-PCR (SOLiD),最後利用Paired-End(Solexa)或者Mate-Pair(SOLiD)的方法對插入片段進行重測序。圖1-1,以SOLiD為例,說明整個實驗方案。雙末端(Paired-End)測序原理測序深度(Sequencing Depth):測序得到的鹼基總量(bp)與基因組大小(Genome)的比值,它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關的關係,測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提升而下降。重測序的個體,如果採用的是Paired-End或Mate-Pair方案,當測序深度在10~15X以上時,基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證。測序深度對基因組覆蓋度和測序錯誤率的影響(HOM:純合體 HET:雜合體)

個人全基因組重測序需花費多少錢?

人類基因組大小3G, 重測序一般需要測定至少20x以上的數據(數據乘數高的話對於信息分析是有海的),也就是說一般需要測定60G的數據,如果1G按照5000元算的話,需要30萬元。

不過要看你的目的,現在illumina推出的my-seq測1個人的好像只需要幾萬。

全基因組重測序 全基因組測序圖怎麼看

樓答準基組全部基基組內全部鹼基基組編碼基序列佔部

怎樣進行作物全基因組重測序分析

首先需要對這個作物進行DNA提取,打斷構建全基因組文庫進行高通量測序,測序結果進行拼接,測序需要重頭測序,深度需要30x以上

新一代測序中,基因從頭測序和重測序有什麼區別?我要做乙肝病毒DNA全長測序,應該選用哪種方法?

從頭測序是目前為止還沒有人測過那個物種的全基因組,沒有參考序列進行比對,需要自己組裝拼接後才能知道序列;而重暢序是已經有人測過了,只需要重新測序,有參考序列了,只需要與參考序列比對。

乙肝病毒好像是已經測過的,只需要做重測序就可以!

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