菌種鑑定——ANI?

二代測序及科學研究的快速發展，菌種鑑定也由DNA-DNA-雜交的生化實驗專項基於核酸序列的兩兩比對。相比鏡檢、生化實驗和傳統藥敏和血清型試驗，基於全基因組測序的菌種鑑定也迎來了更方便的手段，同時，也使得菌種鑑定結果更為準確精細。

工具/原料

細菌基因組總DNA

高通量測序整套系統

MicrobeTrakr

方法/步驟

待測菌株的DNA提取，手工提取或者試劑盒提取皆可。

DNA濃度≥100ng/ul

DNA總量≥1.5ug

OD260/280：1.8-2.0

測序文庫構建上機測序。

或者將核酸送測序公司測序。

測序深度不小於30倍

測序數據用MicrobeTrakr plus直接分析得到鑑定結果。

或者測序數據拼接，拼接好使用MicrobeTrakr直接分析得到鑑定結果。