土壤中的微生物種類不計其數，那麼如何才能從無數的微生物中分離出我們想要的菌種。方法是大同小異，只是選用的篩選培養基不同罷了。下面以篩選具有解磷能力的菌種為例，來闡述微生物的分離純化方法。
1.培養基
（1）無機磷細菌固體培養基（以1000 mL計）
葡萄糖10 g，NaCl 0.3 g，MgSO4·7H2O 0.3 g，MnSO4·4H2O 0.03 g，Ca3（P O4）2 10 g，（NH4）2SO4 0.5 g，KCl 0.3 g，FeSO4·7H2O 0.03 g，酵母膏0.4 g，瓊脂20 g，PH為7.0～7.5。（篩選用）
（2）牛肉膏蛋白腖培養基
牛肉膏0.5%，蛋白腖1%，NaCl 0.5%，瓊脂2%，PH為7.2～7.4。（純化用）
2.步驟
（1）分離
將取來的土壤樣品混勻，稱取1.5 g樣品置於試管中，用10 mL 蒸餾水製成菌懸液（用振盪器充分震盪），再採用倍倍稀釋法制成濃度分別為10-3、10-4、10-5、10-6的菌懸液。取各個濃度的菌懸液0.1 mL分別塗布於無機磷固體培養基上面，每個濃度塗三個平板，塗布完成後將其在37 ℃下培養適當時間，待長出菌落。
（2）純化（劃線法）
首先，在超淨工作臺中將接種針在火焰上燒片刻，挑取分離步驟中長出的菌落，像圖中黑線所示劃線。然後，將接種再在火焰上燒片刻，像圖中紅線所示劃線，注意這時不要挑取菌落，並且紅線的開頭一橫與黑線所示軌跡接觸，而後面的折線軌跡則不再與黑線接觸。最後，再在火焰上將接種針燒片刻，像圖中藍色軌跡劃線，這時藍線的第一橫與紅線接觸，而後面的折線則不與紅線和黑線接觸。
當然，像上圖中劃線完畢之後就把培養皿放在37 ℃下培養適當時間，讓其長出菌落。為了達到理想的純度，還應該將此步驟中得到的菌落再進行劃線分離兩三次。注意，這時挑取菌落應從藍線區域長出的單菌落。
（3）菌種保藏
將分離純化得到的菌落，轉接入試管中，待試管中長出菌落後，放入冰箱中保藏，以便後續研究。當然，為了進一步驗證所得到的菌株為純菌株，應該將試管中的菌落在無菌操作下挑取，進行革蘭氏染色，在顯微鏡下觀察，若細胞形態相似則為純菌株，反之則反。
3.具體流程圖