蘇木素與伊紅對比染色法（簡稱H.E.對染法）是組織切片最常用的染色方法。這種方法適用範圍廣泛，對組織細胞的各種成分都可著色，便於全面觀察組織構造，而且適用於各種固定液固定的材料，染色後不易褪色可長期保存。經過HE染色，細胞核被蘇木素染成藍紫色，細胞質被伊紅染色呈粉紅色。
工具/原料
1.器材：切片刀，切片機，單面刀片，恆溫箱，蠟杯，解剖刀，解剖剪，解剖盤，解剖針，培養皿，鑷子，毛筆，染色缸，蓋玻片，載玻片，玻片盤，樹膠，樹膠瓶，顯微鏡，溫度計，臉盆，水浴鍋，溫臺，剪刀，小臺木，灑精燈，石蠟模子，包埋紙盒，燒杯，熔蠟爐。2．試劑：各級濃度酒精（50%、75%、85%、95%、100%）、二甲苯、石蠟、1%伊紅酒精溶液，1%鹽酸酒精溶液，中性樹膠，波因氏固定液，埃利希蘇木精染液，。3.材料：魚肝、腎、心肌、骨骼肌或其他組織、大豆或小麥、綠豆、洋蔥、大蒜。
步驟/方法
1．取材
敲腦法處死魚，打開腹腔，剪取肝組織（或其他組織）。
切取的組織塊不宜太大，以利於固定劑穿透，通常以5mm×5mm×2mm或1mm×1mm×2mm為宜。取下所需要的肝組織，切成一小塊2－3mm厚。
2．固定
將切好的肝組織用生理鹽水組織洗一下，立即投入波因氏固定液中固定，固定24h。
3.洗滌
材料經固定後,流水沖洗6小時或過夜。
4.脫水
材料依次經75%、75%、85%、95%、95%、100%、100%各級乙醇溶液脫水，各2-3h。第二次75%乙醇溶液脫水後可長期保存，85%乙醇溶液脫水後可過夜保存，第二次95%乙醇溶液脫水後可加入少量伊紅粉染色以便於修整蠟塊。
5．透明
純酒精、二甲苯等量混合液2-3h，二甲苯Ⅰ2h、Ⅱ2h（至透明為止）。
由於乙醇與石蠟不相溶，而二甲苯既能溶於乙醇又能溶於石蠟，所以脫水後還要經過二甲苯以過渡。當組織中全部被二甲苯佔有時，光線可以透過，組織呈現出不同程度的透明狀態。
6．透蠟
放入2/3二甲苯和1/3石蠟混合液，1/2二甲苯和1/2石蠟的混合液，再放入石蠟Ⅰ、石蠟Ⅱ透蠟各50-60分鐘。此時可過夜保存。
透蠟的目的是除去組織中的透明劑（如二甲苯等），使石蠟滲透到組織內部達到飽和程度以便包埋。透蠟時間根據組織大小而定。透蠟應在恆溫箱內進行，並保持箱內溫度在55-60℃左右，注意溫度不要過高，以免組織發脆。一般置於恆溫箱1h。用於包埋的石蠟的熔點在50~60℃之間，包埋時應根據組織材料、切片厚度、氣候條件等因素，選擇不同熔點的石蠟。一般動物材料常用的石蠟熔點為52~56℃，植物材料用的石蠟熔點為54~58℃。
7.包埋
包埋時，用鑷子夾取石蠟模子（金屬質地）在酒精燈上稍加熱，放在平的桌面上，從溫箱中取出盛放純石蠟的蠟杯，倒入少許石蠟。再將鑷子在酒精燈上稍加熱，夾取材料將組織塊放入蠟模中，排列整齊。再放上包埋盒，輕輕倒入熔蠟。注意保持組織塊的整齊排列,包埋動作要迅速，否則熔蠟凝固。輕輕將紙盒兩側的把手提起，慢慢地平放在面盆，並立即使它沉入水中，使盒中包埋塊迅速凝固。待石蠟完全凝固（約30min）後即可取出備用。
8.切片
①將已固定和修好的石蠟塊裝在切片機的夾物臺上。
②將切片刀固定在刀夾上，刀口向上。
③搖動推動螺旋，使石蠟塊與刀口貼近，但不可超過刀口。
④調整石蠟塊與刀口之間的角度與位置，刀片與石蠟切片約成15度左右。
⑤調整厚度調節器到所需的切片厚度，一般為6-10微米。
⑥一切調整好後主可以開始切片。此時右手搖動轉輪，讓蠟塊切成蠟帶，左手持毛筆將蠟帶提起，搖轉速度不可太急，通常以40-50r/min。
⑦切成的蠟帶到20-30cm長時，右手用另一支毛筆輕輕將蠟帶挑起，以免捲曲，並牽引成帶，平放在蠟帶盒上，靠刀面的一面較光滑，朝下，較皺的一面朝上。
⑧用單面刀片切取蠟片一小段，放在載玻上加水一滴，置於放大鏡或顯微鏡下觀察切片是否良好。
⑨切片工作結束後，應將切片刀取下用氯仿或二甲苯擦去刀上沾著的石蠟，把切片機擦拭乾淨妥為保存。
9.展片、貼片、烤片
打開水浴鍋，使水溫維持在40-45℃，另準備30%乙醇溶液。
①切片時，將一碗30%乙醇溶液放於切片機旁的桌面上。
②用小鑷子夾取預先用刀片割開的蠟帶，放在乙醇溶液的水面上，使切片展開。
③小鑷子輕輕地將連在一起的切片分開，用一個載玻片將已展開的切片撈至溫水中，使之充分展開。
④另取潔淨的載玻片，撈起展開的切片，使其位於切片中央，另一端（磨邊，粗糙的一端）磨面上標記或貼上標籤，放於切片架上。
⑤60℃烤箱烤片2h至蠟熔化。此時可過夜保存。
10.脫蠟覆水
石蠟切片經二甲苯Ⅰ、Ⅱ脫蠟各15min，然後放入1/2二甲苯和1/2無水乙醇的混合液，1/2二甲苯和1/2無水乙醇的混合液各3min,再放入100%、100%、95%、90%、85%、75%、50%各級酒精溶液中各3-5min，再放入蒸餾水中3min。
11．染色
切片放入蘇木精中染色約10-30min。注意埃利希蘇木精染液的成分：蘇木精1g，純酒精50ml，冰醋酸5ml，甘油50ml，鉀礬（硫酸鋁鉀）約5g（飽和量），蒸餾水50ml。
染色時間應根據染色劑的成熟程度及室溫高低，適當縮短或延長。室溫高時促進染色，染色時間可短些，否則可適當延長時間，冬季室溫低時可放入恆溫箱中染色。用顯微鏡觀察染色是否合適，否則重新脫蠟覆水再染色。
12．水洗
用自來水流水沖洗約1-2min。使切片顏色變藍（或放入鹼性水中也可），但要注意流水不能過大，以防切片脫落。
13．分化
將切片放入0.5%鹽酸乙醇液中褪色，約2秒至數十秒鐘。見切片變紅，顏色較淺即可。這一步驟是H.E.染色成敗的關鍵，，如分化不當會導致染色不勻，或深或淺，得到的切片染色效果差。如果染色適中，可取消此步驟。注意1%鹽酸乙醇液的成分：鹽酸1份和50%酒精100份。
14．漂洗
切片再放入自來水流水中使其恢復藍色。
15．脫水Ⅰ
切片入50%乙醇→75%乙醇→85%乙醇中各2min。
16、復染
用1%伊紅乙醇液對比染色1-3min。注意1%伊紅酒精溶液的成分：伊紅1g溶於100ml95%酒精溶液。
伊紅主要染細胞質，著色濃淡應與蘇木精染細胞核的濃淡相配合，如果細胞核染色較濃，細胞質也應濃染，以獲得鮮明的對比。反之，如果細胞核染色較淺，細胞質也應淡染。可在伊紅乙醇液中滴加數滴冰醋酸助染，促使細胞質容易著色，並且經乙醇脫水時不易褪色。
17．脫水Ⅱ
將切片放入95%乙醇中洗去多餘的紅色，然後放入無水乙醇中3-5min。最後用吸水紙吸乾多餘的乙醇。
18．透明
切片放入1/2二甲苯和1/2無水乙醇的混合液、二甲苯Ⅰ、Ⅱ中各3-5min。此時可過夜保存。
二甲苯應儘量保持無水，應經常更換，或用紗布包無水硫酸銅放入染色缸內吸收水分。切片如在二甲苯中出現白霧現象，說明脫水未盡，應退回乙醇中重新脫水，否則切片難以鏡檢。
19．封藏：中性樹膠封存
因切片經二甲苯透明，使用中性樹膠作為封藏劑，樹膠可用二甲苯稀釋至合適的稠度。
封藏的方法：
封片前應根據材料的大小，選用不同規格的蓋玻片。材料透明後，在桌上放一張潔淨的吸水紙，將含材料的載玻片從二甲苯中取出放在紙上（切片的一面向上），迅速地在切片的中央滴一滴樹膠（千萬不能待二甲苯乾燥後再進行），用右手持小鑷子輕輕地夾住蓋玻片的右側，稍為傾斜使其左側與封藏劑接角，然後再緩慢地將蓋玻片放下，這樣就可以減少或避免產生氣泡。如膠液不足，可以用玻棒再滴一滴樹膠從蓋玻片邊緣補足。如膠液過多，可在乾燥以後用刀颳去，並用紗布蘸二甲苯拭去殘留的樹膠。
注意事項
1．取材注意事項
（1）取材動作要迅速，不宜作太久的拖延以免組織細胞的成分、結構等發生變化。
（2）切片材料應根據需要觀察的部位進行選擇，儘可能不要損傷所需要的部分。
2．固定注意事項
（1）一般固定液，都以新配為好，配好後應貯存在陰涼處，不宜放在日光下，以免引起化學變化，失去固定作用。
（2）有些混合固定液的成份之間會發生氧化還原作用，一定要在使用前才混合，如果混合太早，固定時就沒有作用了。
（3）固定材料時，固定液必須充足，一般為材料塊的20~30倍，有些水分多的材料，中間應更換1-2次新液。
（4）材料固定完畢後，保存於嚴密緊塞或加蓋的容器裡，同時在容器外上標籤，並隨同材料在溶液中投入相應的標籤，以免相互混淆。標籤上註明固定液、材料來源、日期等。標籤上的文字，應用黑色鉛筆或繪圖黑墨水書寫。
4. 脫水注意事項
（1）脫水必須在有蓋的玻璃品中進行，防止吸收空氣中的水分和酒精揮發。
（2）在更換高一級的脫水劑時，最好不要移動材料以免損壞，可用吸管吸出器皿中的脫水劑，再用吸水器吸盡皿內剩餘液，然後於皿中加入高一級脫水劑。
（3）在低濃度酒精中，每級停留不宜太長，否則易使組織變軟，助長材料的解體。
（4）在高濃度或純酒精中，每級停留的時間也不宜太長，否則會使組織變脆，影響切片。
（5）如需過夜，應停留在75%酒精中。
（6）脫水必須徹底，否則不易透明，甚至使透明劑內出現白色混濁現象。
5.透明注意事項
（1）使用透明劑時，要隨時蓋緊蓋子，以免空氣中的水分進入和透明劑的揮發。
（2）更換每級透明劑，動作要迅速，一方面為了不使材料塊乾涸，另一方面能避免吸收溼氣。
（3）在透明過程中，如果材料周圍出現白色霧狀，說明材料中的水未被脫淨，應退回純酒精中重新脫水，然後再透明。
6.透蠟注意事項
（1）儘量保持在較低溫度中進行，以石蠟不凝固為度。
（2）透蠟溫度要恆定，不可忽高忽低。
（3）操作要迅速，力求在最短的時間內完成石蠟透入過程，以免引起組織變硬、變脆、收縮等。