微生物基因組De novo測序分析也叫微生物基因組從頭測序分析，指不依賴於任何參考序列資訊就可對某個微生物進行分析的測序分析技術，用生物資訊學的方法進行序列拼接獲得該物種的基因組序列圖譜，然後進行註釋等後續一系列的分析。微生物Denovo基因組測序及分析技術可以應用於醫藥衛生等領域。
工具/原料
1）基因組圖譜的系統性構建
例子：過去幾個月，腸病毒D68令數百名美國兒童患病。華盛頓大學的研究人員測序和分析了腸病毒D68（EV-D68）的基因組，這一成果將發表在新一期的Emerging Infectious Diseases雜誌上。（Genome Sequence of Enterovirus D68 from St. Louis, Missouri, USA）腸病毒D68（EV-D68）能在兒童中引起嚴重的呼吸道疾病。其基因組序列可以“幫助人們開發更好的診斷測試，”共同作者Gregory Storch說。“有助於解釋病毒感染為什麼會造成嚴重的疾病，以及EV-D68為什麼比過去傳播得更廣。”（來自於生物通的報道）
2）微生物致病性和耐藥性位點檢測及相關基因功能研究
例子：根據分泌蛋白、毒力因子、致病島、必需基因等結果去探討所測物種致病性和耐藥性。
3）微生物的比較基因組分析，確定各個近緣微生物中的系統發育關係
流程和結果
基本分析流程圖
可能的結果展示圖
示例圖1 微生物基因組的功能註釋
示例圖1 微生物基因組的功能註釋
