如何用BioEdit分析酶切位點從而設計合適引物?

BioEdit是一個序列編輯器與分析工具軟體。功能包括:酶切位點分析、序列編輯、外掛分析程式、RNA分析、尋找特徵序列、支援超過20000個序列的多序列檔案、基本序列處理功能、質粒圖繪製等等。下面我就給大家介紹如何使用BioEdit來查詢DNA序列的酶切位點,從而設計合適的引物。

工具/原料

生物資訊學軟體:BioEdit

你所要分析的DNA序列

方法/步驟

百度搜索:BioEdit下載

如何用BioEdit分析酶切位點從而設計合適引物

安裝之後,開啟軟體,顯示以下畫面:

如何用BioEdit分析酶切位點從而設計合適引物

將序列粘到文字文件中,如:“sequence1”,注意用fasta格式,見下圖:

如何用BioEdit分析酶切位點從而設計合適引物

依次點選BioEdit軟體的"file>open>"將“文字文件 sequence1”開啟:

如何用BioEdit分析酶切位點從而設計合適引物

選中“sequence1”後,選中標題欄中“sequence”>"Nucleic Acid">"Restriction Map"

如何用BioEdit分析酶切位點從而設計合適引物

在新的介面中選擇“Generate Map”

如何用BioEdit分析酶切位點從而設計合適引物

在出現的介面中,即是分析得到的酶切位點圖,可以顯示每個酶切位點在序列中的位置,拖滾動條到最下面,可以看到酶不能切割的酶切位點。

如何用BioEdit分析酶切位點從而設計合適引物

注意事項

序列必須儲存成fasta格式

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