天然水晶清澈透明，常含有云霧狀、星點狀或絮狀氣液包體，並往往有微裂紋。此外，天然水晶有偏光性，可見雙晶現象，例如水晶球體，從上向下看，會見有雙影現象。
人工合成水晶或玻璃製品，體內均一純淨，毫無裂紋，內部往往有小氣泡。球體由上往下看，見不到下面線條的雙影。用手感識別，可感到合成水晶的比重大於天然水晶；天然水晶有冰涼之感，而玻璃有溫感。
方法/步驟
眼看：天然水晶在形成過程中，往往受環境影響總含有一些雜質，對著太陽觀察時，可以看到淡淡的均勻細小的橫紋或柳絮狀物質。而假水晶多采用殘次的水晶渣、玻璃渣熔鍊，經過磨光加工、著色仿造而成，沒有均勻的條紋、柳絮狀物質。
舌舔：即使在炎熱夏季的三伏天，用舌頭舔天然面，也有冷而涼爽的感覺。假的水晶，則無涼爽的感覺。
光照：天然水晶豎放在太陽光下，無論從哪個角度看它，都能放出美麗的光彩。假水晶則不能。
硬度：天然水晶硬度大，用碎石在飾品上輕輕劃一下，不會留痕跡；若留有條痕，則是假水晶。
用偏光鏡檢查：在偏光鏡下轉動360度有四明四暗變化的是天然水晶，沒有變化的是假水晶。
用二色檢查：天然紫水晶有二色性，假水晶沒有二色性。
用放大鏡檢查：用十倍放大鏡在透射光下檢查，能找到氣泡的基本上可以定為假水晶。
用頭髮絲檢查：將水晶放在一根頭髮絲上，人眼透過水晶能看到頭髮絲雙影的，則為天然水晶，主要是因為水晶具有雙折射。
用熱導儀檢測：將熱導儀調節到綠色4格測試寶石，天然水晶能上升至黃色2格，而假水晶不上升，當面積大時上升至黃色一格
注意事項
最有保障的啦啦路邊小販、攤商專業知識不夠，又容易落跑，即使是百貨公司裡的專櫃也不見得專業，常常天然水晶和水晶玻璃都分不清楚，教人難以期待。