企業端軟體的操作總體比較簡單，要完成專用發票的掃描、傳輸、認證工作，只需按照如下圖所示的操作步驟進行：
工具/原料
電腦
網上認證系統
掃描器
方法/步驟
使用者將掃描器接入電腦，並將電腦連線到網際網路上後，開啟企業端軟體，選擇相應的掃描器，進入系統
將待認證的抵扣聯正確地放置在掃描器上，點選【專用發票網上認證】或是【機動車/貨運票網上認證】對相應的發票型別進行網上認證
進入網上認證頁面後，點選【單張掃描】或【高速掃描】按鈕，軟體自動掃描發票影象並識別發票電子資料，掃描識別形成發票電子資料後，請對照抵扣聯原件，核對電子資料。如有識別不準確的，依照抵扣聯原件，通過鍵盤手工修改。
點選【網上認證】再進行【實時認證】，對於返回結果為“認證通過”的，使用者可進行下一步的下載列印通知書的操作；（對於返回結果為“認證未通過”的，請使用者仔細核對電子資料與抵扣聯原件是否一致，如不一致，可能是掃描識別有誤或手工錄入有誤，根據抵扣聯原件校正電子資料後，再次進行傳輸認證）
單擊【通知書】選擇要下載通知書的“所屬月份”（預設為當月），然後單擊“下載認證結果通知書”按鈕。通知書下載完畢後，單擊“列印通知書”按鈕，列印認證結果通知書和認證結果清單。
