HE染色又稱為蘇木精-伊紅染色，染色後組織或細胞可以藉助普通光學顯微鏡觀察與鑑別細胞凋亡與細胞壞死的一種染色方法。這種方法適用範圍廣泛，對組織細胞的各
種成分都可著色，便於全面觀察組織構造，而且適用於各種固定液固定的材料，染色後不易褪色可長期儲存。經過HE染色，細胞核被蘇木素染成藍紫色，細胞質被伊紅染色呈粉紅色。
工具/原料
HE染色液
1原理
蘇木素是鹼性染料，藍紫色，可以使細胞核等著色。被蘇木素著色的結構本身為酸性，具有嗜鹼性；
伊紅是酸性染料，粉紅色。可以將大多數細胞的細胞質染成紅色。被伊紅著色的結構本身為鹼性，具有嗜酸性；
不易被蘇木素和伊紅著色的結構具有嗜中性。
2.操作步驟
樣品處理：
a.對於石蠟切片:
二甲苯中脫蠟5-10分鐘;換用新鮮的二甲苯，再脫蠟5-10分鐘;無水乙醇5分鐘;90%乙醇2分;70%乙醇2分鐘;蒸餾水2分鐘.
b.對於冰凍切片：蒸餾水2分鐘。c 對於培養細胞：用4%多聚甲醛固定10分鐘以上。蒸餾水洗滌2分鐘。換用新鮮的蒸餾水，再洗滌2分鐘。
蘇木素伊紅(HE)染色對於上述處理好的樣品：蘇木素染色液染色5-10分鐘(可以根據染色結果和要求調整時間)。浸自來水中沖洗去多餘的染色液，約10分鐘。蒸餾水再洗滌一遍(數秒鐘)。95%乙醇5秒。伊紅染色液染色30秒-2分鐘(可以根據染色結果和要求調整時間)。此時，如果需要直接觀察，可以用70%乙醇洗滌2次。如需脫水、透明後封片按後續步驟進行，70%乙醇洗滌後仍可按照後續步驟進行脫水、透明和封片處理。
3. 脫水、透明、封片或進行其它染色a) 脫水、透明、封片：95%乙醇脫水2分鐘。換用新鮮的95%乙醇再脫水2分鐘。二甲苯透明5分鐘。換用新鮮的二甲苯，再透明5分鐘。用中性樹膠或其它封片劑封片。顯微鏡下觀察，細胞核呈藍色，而細胞漿呈粉紅色或紅色。b) 進行其它染色：如果進行免疫熒光染色，或進行Hoechst等熒光染料的染色，在伊紅染色液染色後：70%乙醇洗滌2次，每次2分鐘。PBS或生理鹽水或TBS或TBST等用於免疫染色或熒光染料染色的溶液浸泡5分鐘。然後就可以進行免疫熒光染色或其它熒光染料的染色了。
顯微鏡下拍照，進行結果分析。
3.結果分析
判斷免疫染色切片是否合格；
可用計算機系統處理並分析圖片；
