魚缸過濾離不開魚缸水泵，過濾是養魚的重要一環，過濾的好壞，直接影響魚的生長和繁殖，一般來說，水族過濾器主要是吸附清潔水中的物流雜質，分解有害物質，補充水中所需的氧氣，培養硝化細菌等等。魚缸過濾根據魚缸的大小、海淡水來選擇不同的過濾方式，下面具體來談談過濾的幾種方式。
第一種：頂部過濾
頂部過濾也叫上部過濾，是最基本的一個過濾方式，操作簡單，方便，用魚缸用潛水泵把水抽到放有生化棉、生化球等濾材中，經過層層過濾再留到魚缸中，適合各種魚缸使用，過濾器體積不能太大，否則影響魚缸的美觀度。
第二種：底部過濾
顧名思義就是過濾器材在缸底，一般來說把底砂、磁環等放到過濾清板上面，含氧水通過底砂縫隙，底砂上有較多有益菌繁衍，淨化效果明顯，一般來說底部過濾佔用空間比較大，操作起來比較複雜。同時有可能導致底砂阻塞過濾通道，致使水體短路和水肥流失。
第三種：內部過濾
主要是將過濾裝置沉入水中，濾材浸泡在水中，較利於有益菌的生長，噪聲較小。物理過濾效果較差，比較適用一般適合於40～8O釐米中小型魚缸使用
第四種：外部過濾
這種一般是把過濾器放到水族箱的底櫃中，裡面放置各種過濾器材，用管道與水族箱連接，不會佔用魚缸的空間。
第五種：瀑流式過濾器
瀑流式過濾器過濾與底部過濾的原理差不多，主要用魚缸泵把水送到過濾糟中，流進濾材過濾再流入水中，因為淨化後的水像瀑布一樣流入魚缸中，所以稱為瀑布式過濾。此種方法簡單，容易清洗，但有時候不利於消化細菌的生長，說道瀑布式過濾，最常見的就是超市裡賣魚的地方，上下幾層，層層流下，形成一個循環。
其實魚缸過濾還有滴式過濾，潮汐過濾等，但主要的還是上面幾種，不管是那種過濾，最終的結果就是營造魚缸一個乾淨的、利於消化細菌繁殖的水循環。