(1)受氣候條件、商港的限制較大貨船在海上航行,遇暴風需及時躲避;遇大霧需按避碰章程辦理,以防損害,這都是氣候對海運的限制。貨船到達商港,因港灣水深或裝卸裝置等硬體設施條件,會限制貨船的人港與作業。(2)不能直接實現“門到門”由於航道與港口的限制,海運的可達性、靈活性不高,往往需要地面運輸系統的配合才能完成貨物運輸的全過程,也就是不能直接實現“門到門”運輸服務。(3)航速低因為大型船舶體積大,航線水流阻力高,因此航速一般較低,貨運時效性低。(4)經營風險大海運經營,由於具有國際性,易受國際政治、經濟(法律及外匯的影響,比其他運輸方式的經營難度大,風險大。(5)投資額巨大、回收期長海運公司(或船公司)訂造或購買船舶需要鉅額資金,船舶是其固定資產,折舊期較長(一般為20年)。(6)競爭激烈因為海運經營具有國際化,加上世界商船噸位嚴重過剩,同行業間競爭激烈。同時,還需面對其他運輸方式的競爭。(7)收人不穩定海運市場亦如經濟景氣變化,有其週期性迴圈,對運費高低影響很大。(8)艙位無法儲存海運企業運輸服務,不能像一般企業可隨意減產或增產,即海上貨物運輸無法將貨物艙位儲存。(9)國際法律繁多海運經營屬世界性商務活動,既要遵守各國的海運法規,又要受國際公約與國際慣例的約束。